臺灣擁有豐富的海洋資源，作為港口經營者的港務公司，高度重視海洋生態保育與陸域環境維護，並致力於配合國際航運趨勢及政府政策，推動綠色港口環保發展。在各港口建設方面，本公司始終堅持妥善評估，並努力降低開發及營運過程中對環境的衝擊。並持續掌握相關生態及棲地現況，以確保營運活動不 會對生態環境造成負面影響，並致力於促進海洋生態的健康發展。
| 位於、鄰近或包含保護區 | 保護區域名稱 | 生態保護相關作為 | 保護物種IUCN紅色名錄 | |
|---|---|---|---|---|
| 臺中港 | 是 | 中華白海豚野生動物重要棲息環境 | 辦理環境影響評估作業及開發利用行為申請書，委託專業人士協助進行臺中港海域中華白海豚族群生態環境調查及保育規劃，並配合擴建計畫環境影響評估研擬相關白海豚保育措施。 | 中華白海豚(極危) |
| 高雄港 | 否 | 南星野鳥保留區 | 南星計畫區保留屬於過境候鳥重要暫棲地的防風林及周邊綠地，並以原生物種進行綠化、設置隔離綠帶、限制進出車輛速度。 | 否 |
| 臺北港 | 是 | 臺北港北堤濕地(鄰近臺北港) | 面積357公頃，屬海岸自然濕地、海岸保護區(法定地位)。 | 否 |
| 蘇澳港 | 否 | 蘇澳港豆腐岬珊瑚保護區 | 蘇澳港豆腐岬統已委託由宜蘭縣政府規劃為無動力帆船遊憩區，該區域之珊瑚面積約1公頃，位於蘇澳港信號台周邊水域，並且禁止開採及破壞。 | 否 |
環境及生態監測
港務公司之自來水主要供應辦公區域及開放場域同仁與洽公民眾使用，並採用部分地表逕流水或次級水，進行植栽澆灌、沖洗道路及抑制港區揚塵，生活污水及廠商事業廢水均經妥善處理至符合放流水排放標準後，才排放至承受水體。
| 水資源耗用 | |||
|---|---|---|---|
| 年度 | 2021年 | 2022年 | 2023年 |
| 取水量(百萬公升) | 1.303.980 | 1.277.800 | 1.232.800 |
| 排水量(百萬公升) | 1.043.184 | 1.022.240 | 986.24 |
| 耗水量(百萬公升) | 260.796 | 255.560 | 246.56 |
| 營業額(百萬元) | 2.253.217 | 2.372.335 | 2.377.073 |
| 用水強度 | 0.58 | 0.54 | 0.52 |
註：
- 自來水資料來源為總公司及各分公司各年度水費決算數據總和，以每度11元換算。
- 取水量不包含用於沖洗澆灌之地表逕流水及申請次級水。
- 用水強度=取水量/組織度量衡=百萬公升/營業額(百萬元)。
| 節水措施(使用回收水) | |
|---|---|
| 蘇澳港 | 蘇澳港於移山路旁設置蘇澳山泉水取水設施，引進山泉水作為港區澆灌、灑水及裝卸揚塵抑制使用，蘇澳港2023年山泉水使用量為217,117公噸。 |
| 臺北港 | 臺北港南碼頭區設立之水資源回收中心段，工程處刻正辦理排放許可作業中，已進行水資源中心試車運轉作業測試，後續俟新北市環保局審核通過，將正式啟用。 |
| 臺中港 | 臺中分公司規劃發展智慧能源管理系統暨智慧整合管理平台建置整合智慧水表等系統，達成港區能源管理智慧化之目標，並取用中龍鋼鐵公司冷卻放流水，設置相關加壓取水設施，將放流水再利用提供臺中港務分公司及港區內業者作為港區道路、碼頭裝卸及工程揚塵抑制之灑水使用，以達到水資源永續利用之目的，2023年取水量約76,120公噸。 |
| 高雄港 | 高雄港廢水進入污水處理設施後，經初沉、混凝、曝氣、過濾、活性碳吸附、消毒等程序，符合放流水排放標準後排放至承受水體。2023年污水處理設施廢水進流處理量共計 3,375.1 公噸，其中放流水1,923.8 公噸，回收水1,391.4 公噸為再利用，供廠域綠地澆灌，以達節約用水之目的。 |
| 安平港 | 臺南市政府水資源回收中心在安平港區設有再生水取水管線，可提供港區業者清洗碼頭作業地面或裝卸作業時灑水，避免揚塵飛揚，2023年使用量為11,147 公噸。 |
| 花蓮港 | 以地表水提供港區碼頭裝卸區域抑塵及港區砂石堆置及作業區域污染防治等，以提高港區環境品質，並結合花蓮港智慧電網計畫，加強水資源調撥系統，靈活使用地表水，提高整體港區自來水節水率，達到水資源再利用，2023年共計使用(收集)121,152公噸地表水。 |
為降低商港營運對生態的潛在衝擊，本公司委外執行水質監測，並辦理環境品質監測報告審查委員會，邀集專家學者協助檢視各港口水質現況，強化港區環境監測作業，同時透過「船舶減速查核系統」，積極向航商宣導船舶減速，搭配船舶自動識別系統(Automatic Identification System, AIS)，要求船舶在距離港區外的20浬，開始緩輪慢行降低噪音及碰撞。
由於臺中港自北防波堤至南填方區外海，約23平方公里區域與2020年9月1日海洋委員會公告之「中華白海豚野生動物重要棲息環境之類別及範圍」重疊，故臺中港外港區擴建計畫(第一期)，已依野生動物保育法辦理「環境影響評估」作業，後續再依法辦理「開發利用行為申請」作業，擬定具體的保護對策。而高雄港南星自由貿易港區則是候鳥重要的過境棲地之一，每年亦持續辦理野鳥保留區內之生態調查。
白海豚調查及保育
港務公司長期辦理白海豚族群生態調查，依據海保署2021年白海豚個體資料庫紀錄數量為 67隻，2022年紀錄為69隻，2023年紀錄有70隻白海豚個體。
因白海豚棲息環境呈現狹長型的分布範圍、橫跨不同特性生態及海岸區域，且與臺灣西部產業發展及人民生活範圍高度重疊，牽涉政府機關甚多，需在足夠的科學數據基礎上，才能聚焦能量跨域溝通並落實各項保育措施，實現兼顧物種保育、經濟發展之資源永續多贏局面。
為降低擴建計劃對生態的影響，港務公司2018年-2023年持續委託顧問公司辦理「臺中港海域中華白海豚族群生態環境調查及保育規劃」，透過尋求外部專家協助觀測白海豚族群及彙整資料，並積極收集各方意見，具體研擬相關白海豚保育措施：
外廓堤規劃
堤身採生態海堤設計，堤面設計粗糙、凹槽面或階梯式設計，堤側佈放生態型塊，增加生物附著，並縮小南北防波堤開口，並設置短小突堤，減少其誤入港區的可能性。
施工期間
慎選適當之碼頭打樁機具及環境友善工法，並於打樁範圍設置污濁防止設施及氣球幕等商業化措施，縮小海域底質擾動與水下噪音
監控通報
臺中港現已建立發現鯨豚通報機制，由監控中心專人接收民眾及船隻通報，航管中心會再藉由船舶自動識別系統(AIS系統)識別附近船隻，以特高頻無線電(VHF)通知過往船隻注意避讓
生態調查
配合海上調查，強化水下聲學監測，增加拖曳式水下麥克風陣列設備，另評估用無人空拍機輔助，在不驚擾白海豚情況下追蹤其移動軌跡。
增裕食源
港務公司研析在臺中港計劃區外，選擇合適地點進行魚苗放流，以增加白海豚食源。
未來環評案如通過，將提撥經費強化保育力道，確保施工及營運期間不影響白海豚生活空間，尋求臺中港與白海豚共存共好之日常，取得之研調資料亦可供海洋保育學術團體及相關管理單位參卓。
白海豚
白海豚
南星野鳥棲地保護區
「南星自由貿易港區」是高雄最重要的候鳥過境棲地之一，因此港務公司推動南星土地開發計畫第一期時，便將計畫區的管理中心南移，設置20公尺隔離綠帶及限制進出車輛速度，並保留10公頃野鳥棲地面積，減緩開發造成野鳥棲地之衝擊。
2023年進行4次野鳥生態調查，記錄到鳥類多為普遍常見留鳥與部分常見候鳥及引進種，另有3種珍貴稀有保育鳥種(PII 級)大冠鷲、東方蜂鷹、鳳頭蒼鷹、黑翅鳶，及1種其他應予保育鳥種(PIII)紅尾伯勞。
生態工程
因港埠海堤工程多半涉及海岸線及地貌變更，設計上除考量產業使用需求，也須依當地現況不同，規劃生態補償方案，以增加生物多樣性，並參考「港埠工程生態檢核注意事項執行參考作業手冊」，各分公司應就所轄管之港口，以商港區域一定範圍內，委託專業單位(團體)或專家學者，進行是否有涉及生態環境保育議題之調查工作，並辦理已開發場所或原構造物範圍內之自評作業，辦理流程如下圖所示：
港務公司於2023年度辦理「國際(內)商港港埠工程生態檢核教育訓練」，邀請專業講師對總公司及各分公司工程主辦人員（含職安業務相關同仁）進行6小時授課，總計約30人參與。
國際(內)商港港埠工程生態檢核教育訓練(一)
國際(內)商港港埠工程生態檢核教育訓練(二)
國際(內)商港港埠工程生態檢核教育訓練(三)
在陸域部分，截至2023年港群綠帶面積達773公頃，自2022年至2023年已種(新、補)植20萬棵樹木，並定期執行港區公共環境之樹木修剪及除草作業，維護港區綠美化環境。為避免安平港開發破壞原有紅樹林生育地，港務公司基於環境保護及生態保育永續經營理念，於1988年起規劃紅樹林保護區，執行生態移植復育計畫，保護區面積約為4.6 公頃，並持續維護。
依據環評書之紅樹林經營管理計畫中指出，紅樹林成樹移植成活率不高且所需經費龐大，經專家學者建議，為解決油污及藻類覆蓋問題，港務公司改以胎生苗或小苗於港區內適當地點進行復育，並嘗試以PVC 管克服深水區無法栽植紅樹林之困境。臺中分公司於種植防風林方面，於2020年至2024年與慈心基金會合作造林計畫，於臺中港保安林種植木麻黃、黃槿、聖柳、草海桐等，共計35,000棵，面積約20.7公頃。
增設生態池
臺北港物流倉儲區第一期48公頃造地範圍內，迄今已種植約19公頃帶狀防風林，預計該區後續三期之造地計畫，將同樣沿外堤設置200公尺寬之綠帶並種植150公尺寬之帶狀防風林，防風林內再增加設置生態潮池（預計2025年完工），以自然不施作任何人工放養之方式營造生態多樣性。
潮池以圍堤沉箱預留4座出水口用作海水交換，工程設計上將考量臺北港每日平均高低潮差約2m，利用漲潮時生物於潮池停留或覓食，俟退潮時將生物留置於潮池中，形成退潮時仍有海水狀態，藉由海洋特性與構造物之間相互關係來創造生物生存基礎環境，讓海洋物種聚集於生態潮池，減少填海造地所帶來的生態環境衝擊。
臺北港生態潮池示意圖及效益