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- 一、本公司置總經理一人，依據法令與本公司章程及秉承董事會之決議，綜理公司業務並指揮監督所屬人員，置副總經理八人，襄助之。
- 二、本公司於總公司置執行副總經理、業務副總經理、工程副總經理、行政副總經理各一人，負責公司各項業務之處理；另置副總經理四人，分別兼任基隆港務分公司、臺中港務分公司、高雄港務分公司及花蓮港務分公司之總經理，綜理各該分公司業務，並直接對總經理負責。
- 三、本公司於永續發展推動辦公室置永續長一人，綜理本公司永續發展業務；於資通安全長室置資通安全長一人，綜理本公司整體資安業務。
- 四、本公司設企劃處、業務處、港棧管理處、投資事業處、資訊處、工程處、職業安全衛生處、財務處、人力資源處、政風處、會計處、秘書處、法務處、公共事務處，掌理本公司各項業務；並設基隆港務分公司、臺中港務分公司、高雄港務分公司及花蓮港務分公司，負責各國際港之經營及管理。